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人结肠癌第二代 RNA 测序数据的计算生物学研究流程
The computation biology analysis protocol of next-generation high-throughput RNA-sequencing data from human colon cancer
摘要:目的 以人结肠癌 RNA 测序数据分析为例,介绍新一代高通量中的 RNA 测序(RNA-sequencing, RNA-seq)
技术在转录组与基因表达谱方面的应用。 方法 基于 Linux 平台的开源分析软件和人结肠癌 RNA 测序数据,建立完整的
RNA-seq 测序数据处理和分析流程,并对其中的软件选择、质量控制、下游分析进行讨论。 结果 基于现有主流的 RNA-seq
计算生物学分析技术,建立起了一套免费开源的 RNA 测序计算生物学处理和分析流程,并从中鉴定出了数个在结肠癌表
达中存在显著差异的基因。 结论 这项研究为 RNA-seq 数据清理、计算建模和分析提供了具有良好操作性的方案。作为一
个临床肿瘤 RNA-seq 研究范本,以供从事于类似研究的临床科研工作者参考。
结肠癌 / RNA 测序 / 下一代测序技术 / 转录组 / 计算生物学
Colon cancer /
RNA sequencing /
Next-generation sequencing /
Transcriptomes /
Computation biology
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